Como culminación de un proceso de consulta y de opinión en el que participaron los miembros de la comunidad y de la sociedad, autoridades y expertos educativos, empresarios y legisladores, el 11 de mayo de 1994, fue aprobada la Ley Orgánica de la Universidad que la dotó de autonomía de gobierno, de patrimonio propio y de autoridad para decidir sus planes de estudio, el mecanismo de ingreso y permanencia de su personal, entre otras facultades de las que carecía.
La propuesta de Ley fue formulada en la propia Universidad, en el seno de la Comisión para la Reforma Normativa del H. Consejo Universitario, y con el respaldo del pleno de ese mismo órgano de gobierno, que la aprobó como propuesta institucional. Enseguida, el titular del Poder Ejecutivo, Lic. Carlos Medina Plascencia, adoptó sin modificaciones el documento y lo remitió como iniciativa de ley al Congreso del Estado, en donde fue aprobado por unanimidad con el voto de todas las fracciones parlamentarias representadas en la Legislatura vigente.
