En el período comprendido entre los años 1568-1569, los indomables chichimecas, alzados contra la Corona, atacaron Comanja y asesinaron sin piedad a todos los españoles que eran residentes del lugar, salvándose nada más el presbítero Juan de la Cuenca y un seglar de nombre Juan de Sayas, que lo acompañaba en sus labores de evangelización por los llanos y colinas donde más tarde sería la Villa de León. En 1570, desplazándose de estas regiones hasta Xilotepec, estos guerreros aborígenes incursionaron peligrosamente por el Atlayahualco (parte del Bajío), territorio abundante de lagos y manantiales entre Querétaro y el río Laja, obligando al virrey a que urgiera al Ayuntamiento de la capital para que equipara un ejército, el cual saliera a someterlos y castigarlos.
Andrés Cavo, historiador religioso de la Compañía de Jesús, muy apegado a la verdad, sostiene que el propio virrey de la Nueva España, Don Martín Enríquez de Almanza, encabezó sus huestes y llegó hasta el lugar donde actualmente se levanta la ciudad de Celaya, razón por la que, el 12 de octubre de 1570, ordenó que se fundara una Villa y se poblara con algunos vecinos de lo que hoy conocemos como Apaseo el Grande, más los que habían puesto ya sus fincas y sus amores en los alrededores de una aldea otomí llamada Nattahí (actual barrio del Zapote).
El mandamiento fundacional se efectuó el 1° enero de 1571
Dicho mandamiento fundacional se efectuó el 1 de enero de 1571, bajo un frondoso mezquite de aquella antigua aldea a la que los españoles denominaban Pueblo de la Asunción, ubicada entre el río de San Miguel o Río Laja y la boscosa propiedad de un acaudalado encomendero de nombre Juan de la Requena.
Cuenta la tradición que ese día primero de enero, los hombres casados (vascos en su mayoría), con residencia fija allí como lo pedía el virrey, oyeron misa del Espíritu Santo, y tras haber comulgado y cantado el VeniCreatorSpiritu, procedieron a nombrar su Cabildo quedando encabezado por Domingo de Silva y Juan Freyre.
Fuente Municipio de Celaya.
